Luego de una búsqueda rápida en Google, encontré algunas formas de hacerlo pero todas requerían Thunderbird o Mac Mail para descargar todos esos emails. Eso no era muy conveniente ya que eran cuentas de mas de 20GB y no íba a mover esa cantidad de emails entre computadores. Necesitaba algo que lo pueda hacer desde el servidor de respaldos.

Asi que, sin más ni más, aqui esta. Recuerda activar acceso via POP o IMAP en tu cuenta de Gmail antes de empezar.

1. Instalar getmail

2. Crear un directorio y archivo para respaldar los emails

3. Crear directorio getmail y el archivo de configuraciones

** Por favor revisa las los links abajo para otras opciones.

4. Inicia el repaldo, sientate cómodo y relajate

Estoy usando la opcion -d porque ya no necesito esas cuentas, asi que voy borrando los emails despues de decargarlos. Si aun pleaneas en usar la cuenta, entonces puedes remover esa opción.

Eso es todo!, si quieres respaldar semanal o diario, crea un cronjob y listo!

Referencias:

http://pyropus.ca/software/getmail/
http://blog.pengdeng.com/2008/03/backup-gmail-via-imap-using-getmail_16.html
http://www.mattcutts.com/blog/backup-gmail-in-linux-with-getmail/